Jämställdhetsombudsmannen har arbetat för att förbättra könsminoriteters ställning i Finland. Man har även behandlat könsminoriteternas ställning i jämställdhetsombudsmannens internationella samarbete.

I jämställdhetsombudsmannens arbete framhävs de mänskliga rättigheterna och de grundläggande rättigheterna starkt. Jämställdhetsombudsmannen har aktivt krävt bestämmelser på lagnivå om könsminoriteters diskrimineringsskydd och för att främja könsminoriteternas jämlika ställning. I ändringarna i jämställdhetslagen som trädde i kraft den 1 januari 2015 inskrevs ett särskilt förbud mot diskriminering på grund av könsidentitet och könsuttryck, samt åligganden att förebygga diskriminering.

För sin del har jämställdhetsombudsmannen med sitt arbete strävat till att minska den osynlighet och diskriminering som personer som tillhör könsminoriteter fortfarande möter. Jämställdhetsombudsmannen har bl.a. gett råd till personer som misstänker diskriminering, bett om redogörelser, gett utlåtanden om könsminoriteternas ställning samt förhandlat med myndigheter och övriga aktörer.

2012 publicerade jämställdhetsombudsmannen sin egen utredning om könsminoriteternas ställning. Utöver bristen på sakkunskap framgick också många andra problem: diskriminering, missförhållanden i translagen såsom kravet på avsaknad av fortplantningsförmåga, befolkningsdata- och namnfrågor, sjukförsäkringens ersättningspraxis, föråldrade sjukdomsklassificeringar samt praxis i fråga om vård av interkönade barn. Jämställdhetsombudsmannen har arbetat för att ändra på diskriminerande praxis.

2012 tilldelade Seta rf utmärkelsen Asiallisen tiedon omena till jämställdhetsombudsman Pirkko Mäkinen. Jämställdhetsombudsmannen tilldelades utmärkelsen för sitt arbete för transpersoners och interkönade individers rättigheter.

Samarbetet bland annat med organisationer som kämpar för könsminoriteternas rättigheter är en viktig källa till information om deras ställning för jämställdhetsombudsmannen. Jämställdhetsombudsmannen samarbetar i synnerhet med Trasek rf, DreamWearClub rf, Seta och Intersukupuolisten ihmisoikeudet ISIO rf.